Desde sus inicios, la UCA enfrentó el rechazo de ciertos sectores de la sociedad salvadoreña. Su fundación vino acompañada de un nuevo modo de ser universidad, orientado a la transformación de la realidad desde la academia, investigación y proyección social.
En noviembre de 2002, la Junta de Directores de la UCA otorgó un Doctorado Honoris Causa en Teología a monseñor Ricardo Urioste por su servicio a la Iglesia y compromiso pastoral.
