Durante estos años, la UCA definió su opción preferencial por los pobres; inició la divulgación de investigaciones y estudios; y emitió los primeros pronunciamientos sobre hechos sociales, políticos y económicos de la sociedad salvadoreña. Hacia adentro, sus esfuerzos se concentraron en revisar la organización interna y en avanzar en la urbanización...
Para contribuir a hacer realidad el derecho a la educación, la UCA ofrece, desde 2004, en Chalatenango y Morazán el profesorado y la licenciatura en Educación Básica en modalidad a distancia.