En el marco de la presión de la violencia criminal sobre las autoridades, han aumentado los casos de violaciones a derechos humanos cometidas por elementos de la Policía Nacional Civil y el Ejército. El Instituto de Derechos Humanos de la UCA (Idhuca) y el Servicio Social Pasionista han presentado ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos cifras y casos de actos ilegales, como ejecuciones extrajudiciales cometidas por los cuerpos de seguridad.