La Biblioteca de Teología "Juan Ramón Moreno" guarda un legado documental único, de gran valor para la historia del país en general, y la de la Universidad en particular: sus instalaciones albergan el Archivo Ignacio Ellacuría. En este se recopilan metodológicamente todos los documentos personales, artículos, transcripciones y grabaciones de clase del jesuita.
La idea de reunir y organizar sistemáticamente todo el legado de Ellacuría fue de Héctor Samour, en aquel entonces jefe del Departamento de Filosofía. Para lograr ese objetivo, Samour gestionó, en 2000, la visita al país de la archivista española Rocío de los Reyes Ramírez, a través de la firma de un convenio entre la Universidad Internacional de Andalucía, la Consejería de Asuntos Sociales de la Junta de Andalucía y la UCA.
En agosto de 2001, se comenzó con el esfuerzo. En primer lugar, se llevó a cabo un reconocimiento del material que desde el asesinato de Ellacuría estaba guardado en el Centro Monseñor Romero dentro de tres archivadores metálicos. Además, se solicitó material a diferentes miembros de la Compañía de Jesús, catedráticos o alumnos que pudieran poseer algún documento del rector mártir.
Luego de esta etapa, arrancó la tarea de clasificación. Según relata De los Reyes en el libro Archivo de Ignacio Ellacuría, que recopila y presenta todos los detalles de la iniciativa, esta parte del trabajo fue una de las más arduas, pues la documentación se encontraba totalmente dispersa y desordenada: "Se mezclaban los escritos, apuntes, fotocopias, separatas y un sinfín de tipos documentales con contenidos desiguales".
En un tercer momento, se decidió realizar una división entre la documentación personal y la funcional. Así, la primera sección del fondo es la denominada "Biografía", organizada en dos series que reconstruyen la vida del jesuita: "Expediente Personal" y "Expediente Académico". Aquí se agrupan documentos como la partida de bautismo y la de defunción; calificaciones personales, títulos universitarios, entre otros. Dentro de esta área, además, se encuentra la sección "Correspondencia", que reúne las cartas recibidas y emitidas en el período en el que el sacerdote fue rector de la UCA.
En la sección "Investigaciones y Publicaciones" se ordena toda la producción intelectual de Ellacuría, y está conformada por distintos tipos de textos, cuyos contenidos son muy heterogéneos. Por ello, fue necesario dividirla en cinco grandes subsecciones: "Apuntes", "Cursos", "Conferencias", "Escritos" y "Libros".
Finalmente, se estimó oportuna la creación de una sección denominada "Miscelánea", en la que se agrupan aquellos escritos que por su temática no tenían cabida dentro de la unidad argumental de los grandes bloques ya enumerados. En estos papeles se recogen transcripciones de contactos por radio o material que sirvió para la época del conflicto armado salvadoreño. Por otra parte, los soportes sonoros están divididos en dos secciones: "Cursos" y "Entrevistas". En total, el conjunto del material se estructura en 27 unidades de instalación, con 621 carpetas, 3 libros y 103 casetes de audio. Asimismo, se cuenta con una copia de cada elemento de la colección.
Como informa Rosa María Shente, encargada de la Biblioteca de Teología, el acceso al Archivo Ignacio Ellacuría es libre y gratuito; el acervo está a la disposición de toda persona que quiera consultar u obtener fotocopias. De hecho, para fines de divulgación y consulta más amplias, se planea, para 2011, que la Biblioteca "P. Florentino Idoate, S.J." inicie un proceso de digitalización de todo el material, de modo que esté disponible desde una base de datos en línea.