En estos cinco años, marcados por la violencia y el conflicto armado, la UCA se mantuvo firme en su tarea de denunciar las violaciones a los derechos humanos. Presentó una serie de artículos, a través de la revista ECA, en los cuales aportaba propuestas de solución a la guerra, elementos para el diálogo y la negociación, y diagnósticos de la situación del país. Internamente, fortaleció la educación y la proyección social con la creación de la Cátedra de Realidad Nacional, dirigida por Ignacio Ellacuría.