En un contexto de convulsión política y social, la UCA siguió ampliando su oferta educativa: en 1987 fundó la carrera de Arquitectura y su segundo programa de posgrado, la Maestría en Dirección de Empresas. El 16 de noviembre de 1989, el odio y la violencia llenaron de sangre el campus con la masacre de seis sacerdotes jesuitas y Elba y Celina Ramos. Frente a ello, la Universidad dio continuidad al legado de los mártires e inició una nueva etapa a nivel institucional.