Una de las reformas políticas más importantes derivadas de los Acuerdos de Paz fue la relativa a la misión y doctrina de la Fuerza Armada. De hecho, este fue uno de los tema más espinosos y difíciles de consensuar en la última etapa de las rondas de negociación. El Acuerdo de Paz de Chapultepec dedicó su más amplio y pormenorizado capítulo a las reformas institucionales del Ejército. La médula de la reforma fue sustraerle las funciones de seguridad pública y asignarle constitucionalmente la misión de garantizar la soberanía del Estado y la seguridad del territorio. Así, la reforma de su doctrina, al menos en el papel, se fundamentó en la distinción entre los conceptos de seguridad y defensa nacional. Se le definió, además, como una institución sometida al poder civil, esto es, obediente, profesional, apolítica y no deliberante, cuya actuación debe enmarcarse en los principios que emanan del Estado de derecho. Otro de los acuerdos pactados fue la depuración, reducción y desmovilización de muchas de sus unidades.
Según los Acuerdos, la reducción de la FAES no se limitaba a una simple reducción numérica de sus efectivos, sino que implicaba la desaparición de los batallones de reacción inmediata, la reducción del gasto militar y la reconversión, devolución o supresión de algunas de las instalaciones que ocupaba. También se estableció la supresión de la Dirección Nacional de Inteligencia (DNI) y de todos los servicios de inteligencia militar, muchos de la cuales tenían estrechas conexiones con los aparatos clandestinos de represión política. De acuerdo al texto de Chapultepec, los servicios de inteligencia del Estado quedarían subordinados al poder civil (al Presidente de la República) y operarían teniendo como fin el bien común. Finalmente, y no menos importante, la reforma de la Fuerza Armada planteada hace 24 años incluyó la superación de la impunidad; es decir, el esclarecimiento de los casos de graves violaciones a los derechos humanos cometidas durante la guerra.
Todas estas reformas suponían una ruptura de la supremacía del poder militar para avanzar en el establecimiento de un nuevo orden social y político en el que privara el respeto al Estado de derecho y los derechos humanos. Pero, ¿qué tanto cumplió la Fuerza Armada con lo pactado en Chapultepec? Con frecuencia se escucha que es una de las instituciones que más ha cumplido con los Acuerdos de Paz, la de mayor capacidad para coexistir en el marco de las reglas del juego democrático. Sin embargo, la historia reciente nos dice que esto no es del todo cierto. Si bien pocos pueden poner en duda que la institución armada es ahora más profesional que hace dos décadas y que formalmente está sometida al poder civil, no puede dejar de señalarse que, con la complicidad de los Gobiernos de turno, ha incumplido muchos de los acuerdos planteados en la reforma de 1992.
Desde el fin de la guerra, la Fuerza Armada ha participado de forma sistemática y reiterada en tareas y funciones de seguridad interna. Durante el Gobierno de Mauricio Funes, bajo el liderazgo del general David Munguía Payés como ministro de Justicia y Seguridad Pública, la FAES llegó a retomar el control del aparato de seguridad y del sistema de inteligencia del Estado. No hubo reducción del número efectivos ni del gasto militar. La gran paradoja es que el Ejército terminó revitalizado por quienes en Chapultepec más propugnaron por su reducción y depuración. Con el respaldo de notables miembros del FMLN, la Fuerza Armada no solo creció exponencialmente en número de efectivos activos y en personal desplegado en funciones de seguridad, sino que amplió sus competencias: pasó a realizar patrullajes, requisas, detenciones e incautaciones; implantó nuevos centros operativos para el control delincuencial en las ciudades; y tomó el control de las fronteras, los centros penales y el aeropuerto internacional. Según datos del Ministerio de la Defensa Nacional, la plantilla de efectivos militares de alta pasó de 7,426 en 2006 a 24,799 en 2014, una cifra que está a punto de superar a la de los miembros activos de la PNC.
La FAES tampoco renunció a mantener aparatos de inteligencia militar. En las últimas dos décadas ha desarrollado operaciones de inteligencia bajo la estructura del llamado Comando de Doctrina y Educación Militar, sin el control de ninguna autoridad civil. Además, ha incumplido el acuerdo de colaborar en la superación de la impunidad. Las sucesivas cúpulas militares de los Gobiernos de la posguerra se han negado a pedir perdón a las víctimas del conflicto armando y a colaborar en investigaciones judiciales. El Ejército no solo sigue exaltando como héroes a criminales de guerra como Domingo Monterrosa, una clara ofensa a las más de mil víctimas de El Mozote, sino que protege y encubre a exmiembros de la cúpula militar involucrados en delitos de lesa humanidad, como los acusados por la masacre en la UCA que son requeridos por Interpol. Perder de vista todos estos hechos implica renunciar a la comprensión cabal del nuevo conflicto salvadoreño, en el que la impunidad, la violencia y la violación a los derechos humanos son noticia diaria.