Un doctorado honoris causa es un título honorífico que conceden los centros de educación superior a personas destacadas en el ámbito académico o profesional, o que brillan por sus acciones de servicio a la sociedad. “Honoris causa” significa “por causa de honor”. Así, los galardonados con el título suelen reunir una serie de características, virtudes y méritos que trascienden a las instituciones.
En el caso de la UCA, los primeros dos doctorados honoris causa se otorgaron a inicios de los setenta a Margarita del Carmen Brannon, mejor conocida como Claudia Lars, y a Salvador Salazar Arrué, Salarrué, por sus aportes a la cultura salvadoreña. Lars destacó por su poesía; Salarrué, cuentista, novelista y pintor, se consagró en la narrativa salvadoreña con Cuentos de barro y Cuentos de cipotes. Ambos escritores son considerados referentes culturales de El Salvador.
Con la distinción, la UCA rindió homenaje a monseñor Óscar Arnulfo Romero; en 1985 se le otorgó póstumamente el Doctorado Honoris Causa en Teología. El acto estuvo presidido por las autoridades universitarias, encabezadas por el P. Ignacio Ellacuría. El entonces Rector explicó en su discurso el vínculo que unió a la UCA y al obispo mártir:
Ciertamente, monseñor Romero pidió nuestra colaboración en múltiples ocasiones, y esto representa para nosotros un gran honor, por quien nos la pidió y por la causa por la que nos la pidió. Pero, en todas estas colaboraciones, no hay duda de quién era el maestro y de quién era el auxiliar, de quién era el pastor que marca las directrices y de quién era el coadjutor, de quién era el profeta que desentrañaba el misterio y de quién era el seguidor, de quién era el animador y de quién era el animado, de quién era la voz y de quién era el eco.
Monseñor Ricardo Urioste, sacerdote insigne de la Iglesia salvadoreña y fiel acompañante y difusor de la obra pastoral de monseñor Romero, también recibió el Doctorado Honoris Causa en Teología en 2002.
Asimismo, la Universidad ha condecorado con el título honorífico a figuras del ámbito político y científico: al expresidente de Costa Rica y Nobel de la Paz, Óscar Arias, en 1988; y, en 2006, a la salvadoreña María Isabel Rodríguez, por su destacado trabajo en salud pública y en investigación científica.
A lo largo de su historia, los derechos humanos han sido una de las líneas prioritarias de trabajo de la Universidad. En consecuencia, la UCA ha honrado la entrega y valentía de personas que han destacado en ese campo: María Julia Hernández, doctora Honoris Causa en Derechos Humanos en 2004, por su compromiso con las víctimas durante su labor en el Arzobispado de San Salvador; Julián Filochowski, en 2004, quien veló por los derechos humanos durante la guerra civil y acompañó varias misiones de solidaridad en Brasil, Colombia, Nicaragua y Chile; y James McGovern, en 2009, por su trabajo desde el Congreso de Estados Unidos para esclarecer el asesinato de los seis sacerdotes jesuitas y de Elba y Celina Ramos.
Con los doctorados honoris causa también se ha reconocido y agradecido la labor de personas muy cercanas a la Universidad. En esta línea, se distinguió a los jesuitas Luis de Sebastián (a finales de los ochenta) y Francisco Javier Ibisate (2001), por sus labor en las ciencias económicas y sociales, y sus aportes desde los diversos cargos que ocuparon en la UCA; y a René Zelaya (2011) y a Axel Söderberg (2015), quienes fungieron como secretario general y vicerrector financiero, respectivamente, durante años difíciles para la Universidad e hicieron propia la misión de incidir en la realidad nacional para contribuir a su transformación.
Actualmente, la instancia encargada de seleccionar a quien se otorga un doctorado honoris causa es la Junta de Directores. En los años setenta y ochenta, le correspondió al Consejo Superior Universitario.