La Biblioteca "P. Florentino Idoate, S.J." fue fundada en 1965; sus primeros libros fueron donados por familias prominentes del país. Hoy en día cuenta con 500 mil piezas, entre las que destacan documentos oficiales, manuscritos históricos y una extensa colección de revistas y periódicos.
La Biblioteca lleva el nombre de quien fuera el primer Rector de la Universidad. El P. Idoate fungió en el cargo de 1965 a 1969, y durante su administración quiso hacer de la UCA un lugar de formación integral, que facilitara las herramientas necesarias para que los alumnos pudieran aprender de forma autónoma.
Por su sólida formación intelectual, el P. Idoate le dio importancia primordial a la construcción de la Biblioteca dentro del campus, y fue también él quien comenzó a donar libros y a recolectar diversos tipos de materiales bibliográficos. En la actualidad, esos primeros textos se conservan en la sección de Colecciones Especiales, ubicada en la planta baja del edificio de la Biblioteca, junto a algunos documentos de valiosa importancia histórica, como actas que datan del siglo XIX o el libro De rege et regis institutione, del sacerdote jesuita Juan de Mariana, publicado en 1599 y donado a la Biblioteca por el P. José María Tojeira, rector de la Universidad.
Todo el material bibliográfico ha sido organizado en estanterías abiertas y por medio de una clasificación temática que permite a las personas buscar y localizar los textos por su propia cuenta, sin necesidad de asistencia. "Esto ayuda también al usuario a tener más posibilidades de búsqueda de material, puesto que tienen la oportunidad de consultar otros libros sobre el mismo tema inmediatamente", explica Jacqueline Morales, directora general de la Biblioteca.
Los libros están organizados en colecciones, entre las que están las siguientes: General, que abarca las cuatro plantas del edificio; Juventud, que contiene libros de ficción y narrativa de gran aceptación por el público joven; Referencia y Mapas; la de documentos oficiales de Gobiernos y organismos de todo el mundo; Colecciones Especiales, que guarda material histórico; Hemeroteca, donde se encuentran revistas y periódicos; la Biblioteca de Música, en la cual se incluye la sección de audiolibros; Bellas Artes y Arquitectura; la Colección Salvadoreña, donde se compila material de autores salvadoreños; la Colección de Venezuela; y la de Reserva, a través de la cual se controla el préstamo de libros que son utilizados para impartir asignaturas en la Universidad.
Según Morales, la de la UCA "es la primera y única biblioteca en El Salvador que tiene una sección de música con más de dos mil discos compactos y dos mil quinientos videos pedagógicos". El edificio donde funciona es de cuatro plantas y puede albergar aproximadamente a 400 lectores en estudio individual; también hay salas de estudio grupales y salones de exhibición y conferencias.
Además de los servicios bibliográficos, la Biblioteca también organiza exhibiciones didácticas y festivales fílmicos, e imparte cursos y seminarios especializados en los que se profundiza, mediante ponencias y proyección de videos, en temas de historia, filosofía, música, arte y literatura.
El horario de servicio de la Biblioteca es de lunes a viernes, de 8:00 a.m. a 7:00 p.m. (sin cerrar al mediodía); y los sábados, de 8:00 a.m. a 12:00 m. También pueden realizarse búsquedas de materiales a través de su catálogo en línea.