Nació en España en 1930, unos años antes del inicio de la Guerra Civil que desgarraría a su patria. Miembro de la Compañía de Jesús desde 1948, a la que ingresó a los 18 años. Nacionalizado salvadoreño en 1976. Fundador de la Universidad Centroamericana "José Simeón Cañas", donde trabajó hasta su fallecimiento, a causa de un padecimiento pulmonar, el 24 de abril de 2007.
Francisco Javier Ibisate fue economista, educador, pensador, investigador y escritor dedicado a servir desde su vocación por los más pobres. En recuerdo del aniversario de su muerte, y para honrar su memoria, el Departamento de Economía organizó, el 23 de abril a las 12 del mediodía, una misa en la parroquia universitaria "Jesucristo Liberador".
Sus alumnos lo recuerdan como uno de los mejores profesores de Economía que han impartido clases en las aulas de la UCA. Sus compañeros de trabajo admiraban su disposición y ánimo para ayudar a todo aquel que se lo solicitara. Y sus hermanos jesuitas retoman su ejemplo de lucha por la verdad y la justicia, sobre todo en el ámbito económico.
"Yo lo conocí en el año 1991, cuando vine a estudiar Teología en El Salvador. En 2001 pude entablar una relación más cercana con él, debido a que yo me desempeñaba como ecónomo y el P. Ibisate como auditor", recordó el P. Andreu Oliva, vicerrector de Proyección Social, quien presidió la celebración eucarística. Oliva tiene presente los momentos en los que Ibisate se ofrecía con generosidad para aclararle cualquier duda que él tuviera con respecto a las finanzas de las obras jesuitas.
El padre "Ibis", como era llamado cariñosamente, fungió durante toda su carrera en la UCA como catedrático; además, se desempeñó como Jefe del Departamento de Economía y luego se convirtió en Decano de la Facultad de Ciencias Económicas hasta 2001. También realizó la labor de Rector interino en el período 1995-1997, y tuvo a su cargo la parroquia universitaria.
Oliva comentó en su homilía que al P. Ibisate le indignaba ver cómo los que tenían el poder monetario en El Salvador mentían al pueblo, y debido a eso se esforzaba por dar a conocer la verdad económica a través de sus investigaciones y escritos.
"Ibis sigue siendo un ejemplo para nosotros, un ejemplo de persona que es capaz de ir abriéndose a lo nuevo a lo largo de su vida (...) Él se fue dejando cuestionar por la realidad que le tocó experimentar en El Salvador, y, así, su vida terminó siendo un proceso de conversión continua", dijo Oliva.